کتاب ماده تاریک ماجرای مردی بنام جیسون دسن را روایت میکند که شبی در حال قدم زدن در خیابان های سرد شیکاگو قدم میزند و به فکر شامی در کنار همسرش دانیلا و فرزندش چارلی است.

اما او توسط مردی مسلح که نقاب بر صورت دارد ربوده میشود.جیسون به جایی برده میشود و او را به تختی میبندند و ماده ای ناشناخته به او تزریق میکنند.در آن مکان ناشناس اتفاقاتی عجیب برای جیسون می افتد که او را از زندگی قبلی جدا میکند و شخصیت قبل او را از او میگیرند.او دیگر صاحب خانواده نیست و فرزندی ندارد و دیگر یک استاد فیزیک نیست.

قصه از آنجایی شروع میشود که جیسون پس از بیدار شدن از خواب متوجه موضوع میشود اما دلیلی برای اثبات ادعاهای خود ندارد.آیا او خواب میبیند آیا او را تلسم کرده اند چه دلیلی پشت این ربوده شدن میتواند باشد؟وقتی جیسون از خواب بیدار شد ، در یک آزمایشگاه قرار دارد و به یک گورنی بسته می شود – و مردی که قبلا او را ندیده بود با خوشحالی به او می گوید “به شما خوش آمدید!”